Crypti, как я понял у вас в качестве DE используется Gnome. Попробуйте следующее:
Нажмите Alt+F2. В открывшемся окне введите gconf-editor. Щёлкните по кнопке Запустить. Перейдите по дереву в
/apps/nautilus/preferences/ найдите ключ
show_desktop и убедитесь что он активен.
Если он был активен, то остаётся только два выхода — гуглить на тему «gnome desktop disable» или «gnome desktop lock» или же переустановить систему.
Кстати, попробуйте создать ещё одного пользователя и войти в систему под его именем. Если у него Рабочий стол тоже не активен, то это скорее всего какая-то ошибка, иначе вы действительно где-то напортачили.
P.S.
Полезная тема
http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=707200 (на английском)